Dados do primeiro semestre da Secretaria de Saúde de Florianópolis apontam que os investimentos pela Prefeitura no setor neste ano já superam os 22%, número que representa 7% a mais do que o mínimo constitucional que um município deve investir. De todo o valor que a Capital Catarinense destina à saúde, 67,90% são próprios, ou seja, municipais. Dessa forma, entre as capitais do Sul do País, Florianópolis é a que mais investe em saúde por habitante com recursos próprios. A título de comparação, em Curitiba, 45,04% dos recursos são próprios, enquanto 54,96% são repasses, e em Porto Alegre 34,70% são próprios e 65,30% repasses.
Diferente ainda das capitais Curitiba e Porto Alegre, Florianópolis apresenta uma gestão semi-plena, ou seja, não possui hospital público municipal, concentrando seus esforços em atenção primária e disponibilizando de uma ampla rede com equipes de saúde da família e, por consequência, diminuindo a sobrecarga da rede hospitalar Estadual e Federal na cidade.
Florianópolis conta ainda com três Unidades de Pronto Atendimento – UPAs, ultrapassando a quantidade necessária exigida pelo Ministério da Saúde, que é de uma UPAs para cada 250 mil habitantes. A Capital auxilia ainda na saúde de municípios da Grande Florianópolis, pois cerca de 60% dos atendimentos da UPA Continente são provenientes de cidades vizinhas.
Em 2021, Florianópolis foi eleita a cidade com a melhor saúde pública do país, de acordo com o Ranking Nacional de Competitividade dos Municípios, que leva em conta o trabalho feito por servidores municipais e gestores desde o início da pandemia, além de outras ações já promovidas pelo SUS Municipal.